Gród, który dał początek miastu, powstał w okresie wczesnego osadnictwa mazowieckiego przypadającego na XI i XII wiek nad rzeką Pisą w odległości 7 km w kierunku północno-zachodnim od obecnego miasta. Pierwotne Kolno położone na piaszczystym wzniesieniu, oblanym wodami Pisy z jednej strony, a z drugiej otoczone rozległymi bagnami, pełniło rolę strategiczną i handlową na pograniczu polsko-jaćwieskim, a potem polsko-krzyżackim.
Nadania praw miejskich, opartych na prawie chełmińskim, dokonał książę mazowiecki Janusz I, zwany Starszym w dniu 28 czerwca (lub 30 czerwca) 1425 roku. Przywilej lokacyjny nadawał mieszczanom wolność sądów, uwalniał miasto od wszelkiej jurysdykcji urzędników książęcych i od ceł. Mieszkańcy mieli prawo wzniesienia łaźni, postrzygalni i wagi, wolnego wyrębu drzewa w puszczy i połowu ryb w jeziorach puszczańskich. Wymieniony dokument miał ogromne znaczenie dla dalszych losów miasta, ponieważ przyspieszył jego rozwój i znaczenie.
Miasto rozwijało się z pewnością już od lat kilkudziesięciu. Znajdował się w nim dwór książęcy, a lokacja na prawie chełmińskim dotyczyła podgrodzia. O znaczeniu ówczesnego Kolna nad Pisą świadczy również wczesna budowa w nim kościoła pod wezwaniem św. Katarzyny w ostatnim ćwierćwieczu XIV wieku.
Na skutek wzrostu osadnictwa na Wyżynie Kolneńskiej, zmniejszenia się ważności drogi handlowej, jaką była rzeka Pisa, na rzecz dróg lądowych, jak i z powodu szczupłości terenu, na którym znajdowało się pierwsze Kolno, miasto zostało przeniesione na nowe miejsce, nad rzekę Łabnę, gdzie do dziś istnieje. Dokonał tego książę mazowiecki Bolesław IV w latach 1434-1443. Miasto otrzymało 47 włók ziemi, z których 4 były wójtowskie i 2 plebańskie, ogrody i łąki nad rzeką Łabną i Pisą oraz łąki bartne w puszczy Zagajnicy. Pod nowe miasto wzięto 14 włók ze wsi Zabiele.
Nowe miasto Kolno miało układ szachownicy, charakterystyczny dla miast średniowiecznych, kształt wydłużonego owalu rozciągającego się na wzniesieniu z północnego-wschodu na południowy-zachód. Od strony południowej działki miejskie dochodziły do łąk nadrzecznych, a na wysuniętym dalej w części południowo-wschodniej terenie usytuowany był dwór książęcy. Bagna otaczające miasto z trzech stron stanowiły naturalną jego obronę. Pośrodku miasta znajdował się duży rynek, z którego rozchodziło się osiem ulic, po dwie w każdym narożniku. W północno-zachodniej części rynku stał drewniany kościół pod wezwaniem św. Katarzyny otoczony cmentarzem, przeniesiony równocześnie z miastem na nowe miejsce.
Miasto na nowym punkcie szybko się rozwijało i przejęło po Nowogrodzie rolę centrum administracyjnego na tym terenie. Kolno staje się siedzibą starostwa i sądów. Pierwszym odnotowanym w 1452 r. burmistrzem Kolna był niejaki Vank.
Napływ szlachty do miast pociągał za sobą pewne konsekwencje w rozwarstwieniu samej ludności miejskiej. Mieszczanie pochodzenia szlacheckiego zajmowali przeważnie stanowiska naczelne w organizacji miejskiej. O ile szlachta, przenosząc się do miasta i przyjmując tutaj prawo miejskie, najliczniej wstępowała do stanu kupieckiego, o tyle kmiecie napływali głównie do rzemiosła. Granice między grupami prawnymi stanowego społeczeństwa Kolna były jednak płynne.
W drugiej połowie XV w. Kolno rozwijało się jako ośrodek administracyjno-handlowy otaczającego go terenu. Będąc siedzibą sądów ziemskich i grodzkich, na podstawie uzgodnień ustalonych pomiędzy przedstawicielami księcia mazowieckiego i mistrza krzyżackiego zostało Kolno w latach 1472-1490 miejscem wspólnych sądów komisarskich mazowiecko-krzyżackich. Miały one rozstrzygać w imieniu księcia mazowieckiego i mistrza krzyżackiego sprawy zajęć pogranicznych ziem i młynów, zbiegów i kradzieży popełnianych przez mieszkańców obu stron.
Po bezpotomnej śmierci Janusza II, Kolneńskie - w wyniku układów z królem polskim Janem Olbrachtem w 1496 r. w Piotrkowie - przeszło pod władanie księcia mazowieckiego Konrada III Rudego do roku jego śmierci, tj. 1503. Konrad pozostawił po sobie dwóch spadkobierców, małoletnich synów: Stanisława i Janusza. W ich imieniu rządy sprawowała matka, Anna Radziwiłłówna, jako regentka księstwa. Dorastający książęta utrzymywali przyjazne stosunki z królem polskim Zygmuntem I Starym i w 1517 r. przejęli rządy po matce.
W 1519 r. rozpoczęła się „wojna pruska” Polski z mistrzem krzyżackim Albrechtem Hohenzollernem. Brał w niej udział książę Stanisław, zwyciężając wielokrotnie wojska nieprzyjaciela. Krzyżacy pustoszyli ziemie mazowieckie dwukrotnie: pod wodzą Dietricha von Schliebena i Maurycego Knebla. Wówczas został spalony dwór książęcy w Kolnie (nigdy już nie odbudowany). Po śmierci książąt Stanisława i Janusza, ostatnich przedstawicieli rodu piastowskiego na Mazowszu, Kolno wraz z całym Mazowszem zostało w 1529 r. włączone do Korony.
W okresie od XV w. do połowy XVII w., podobnie jak miasta całej Polski, Kolno przeżywało swój złoty wiek. Odzyskanie dostępu do morza spowodowało ożywienie handlu, bogacenie się i wzrost popytu na artykuły przemysłowe. Kolno w XVI w. było ważnym ośrodkiem handlu z Prusami, leżało bowiem na trakcie handlowym Warszawa – Łomża – Kolno – Królewiec. Drogą lądową transportowano futra, skóry, korzenie, bydło i inne towary. Transport wodny towarów Pisą z Prus i do Prus ze względu na znaczne oddalenie Kolna od rzeki miał tylko częściowy wpływ na rozwój miasta.
Kolno, jako miasto powiatowe i starostwo niegrodowe, do połowy XVI w. pełniło dwie zasadnicze funkcje: administracyjną i sądowniczą. Urząd grodzki w Kolnie od XVI w. aż do rozbiorów Polski był reprezentowany przez starostę lub podstarościego i sędziego grodzkiego w jednej osobie.
Kolno średniowieczne pełniło funkcję ośrodka rzemieślniczo-handlowego, dla okolicznego terenu będąc jednocześnie miastem na pół rolniczym. Wśród władz miejskich najważniejsze miejsce zajmowali: wójt (urzędnik królewski do spraw miasta) z ławą oraz rada miejska z burmistrzem (przedstawicielem samorządu) na czele. Miasto podlegało staroście – urzędnikowi do spraw szlachty i gospodarki oraz podstarościemu – rzeczywistemu urzędnikowi. Kolno, jako miasto królewskie, posiadało także władzę najwyższą w osobie króla, którego jednak ingerencja w wewnętrzne sprawy miejskie, na skutek nadań licznych przywilejów mieszczanom, bywała w wysokim stopniu ograniczona. Nadanie wójtostwa odbywało się drogą darowizny lub sprzedaży. Włóki wójtowskie były wolne od opłat na rzecz króla. Wójt czerpał zyski z wagi i postrzygalni sukna, z opłat za kramy rzemieślnicze, z części czynszu płaconego przez mieszkańców na rzecz króla, z racji pełnienia przez niego władzy sądowniczej. Do najznaczniejszych obowiązków, a jednocześnie i najważniejszych prerogatyw wójta należało sądownictwo, jakie sprawował nad ludnością miejską. Sądownictwo to pełnił przy udziale ławników.
Kościół kolneński, niezależnie od przynależności do archidiakonatu w Pułtusku i diecezji w Płocku, będąc pod patronatem biskupa krakowskiego, przyjął w 1540 r. proponowaną przez tego biskupa kandydaturę na plebana w osobie Stanisława Raszyńskiego.
Rządy królowej Bony i Zygmunta Augusta wydatnie przyczyniły się do rozwoju powiatu kolneńskiego i miasta Kolna. Dla podniesienia zamożności miasta Zygmunt August 30 listopada 1553 r. w Knyszynie ustanowił dla miasta trzy jarmarki doroczne: 3 lutego, 1 marca i 21 września. Królowa Bona ze względu na częste pożary uwolniła mieszczan kolneńskich od opłat na rzecz podstarościego kolneńskiego za przywóz drzewa na odbudowę domów.
W połowie XVI stulecia zabudowę miasta stanowiło 260 domów. W miarę rozwoju miasta coraz ważniejszą rolę odgrywały cechy, stając się silnymi organizacjami. Każdy rzemieślnik musiał należeć do cechu. O gospodarczym rozwoju Kolna świadczyć może istnienie w najbliższej okolicy 9 młynów.
W 1571 r. pożar Kolna bardzo zniszczył miasto. Zygmunt August specjalnym listem uwolnił mieszczan od podatków na okres 4 lat, pozwalając równocześnie na swobodny wyrąb drzewa w puszczy na budowę domów. Kilka lat później miasto ponownie zostało objęte pożarem, powodującym kolejną tragedię miasta.
Powiat kolneński w latach siedemdziesiątych XVI w. obejmował parafie: Piątnicką, Małopłocką, Porycką (ze Stawiskami), Dobrzyjałowską, Grabowską, Romańską i Lachowską. Przynależność tych parafii przetrwała aż do rozbiorów. Pod koniec XVI w. powiat kolneński miał 105 wsi. Tak duże zagęszczenie ludności było brzemienne w skutkach. Ludność, aby poszerzyć swoje tereny uprawowe, prowadziła intensywny wyrąb lasów lub też emigrowała, przede wszystkim w kierunku południowo-wschodnim Polski.
W listopadzie 1598 r. biskup płocki, Wojciech Baranowski wizytował kościół w Kolnie. Kościół kolneński pod wezwaniem św. Katarzyny był drewniany, a w ołtarzu znajdował się obraz patronki i figura św. Anny. W 1609 r. Kolno, oprócz kościoła parafialnego otoczonego cmentarzem, posiadało kaplicę św. Anny w kształcie rotundy, murowaną, a ufundowana przez starostę Mikołaja Modliszowskiego. Kaplica ta została wybudowana na dawnym placu dworskim.
Począwszy od lat siedemdziesiątych XVI w. obserwuje się stopniowe zahamowanie rozwoju miasta, na co złożyły się częste pożary, epidemie oraz kryzys gospodarczy wsi mazowieckiej. W latach 1564-1616 liczba mieszkańców Kolna zmalała z 1600 do 209. Konflikt szwedzko-polski zwany „potopem” oraz związane z nim liczne przemarsze wojsk, grabieże spotęgowały upadek gospodarczy północno-wschodniego Mazowsza. Spadła liczba ludności z powodu działań wojennych, pomorów, ucieczek z terenów objętych walką. W czasie „potopu” Kolno zostało spalone (wraz z kościołem). W niedługim czasie kościół odbudowano, jednak ponownie spłonął on w roku 1686.
Śmierć Jana III Sobieskiego w 1696 r. zakończyła okres względnego spokoju na terenach północno-wschodniego Mazowsza. W tym czasie miasto prawdopodobnie podźwignęło się nieco z upadku. Już wkrótce ogarnęła ziemię kolneńską długotrwała „wojna północna”, której uczestnicy grabili kolejno obce sobie ziemie. W styczniu 1708 r. przez Kolno przechodził z grupą wojsk król szwedzki Karol XII, a w sierpniu 1734 r. obalony król polski Stanisław Leszczyński. Grabieżom i gwałtom zbrojnie przeciwstawiali się mieszkańcy puszczy zwani Kurpiami. Dla Kolna i okolic oznaczało to kolejne pożary i zniszczenia.
W połowie XVIII w. miasto Kolno ponownie powoli zaczęło dźwigać się z upadku, korzystając z ożywienia handlu na szlaku do Królewca. Jarmarki i targi oraz komora celna w mieście przyczyniły się do wzrostu ludności miejskiej i stopniowego rozwoju rzemiosła. Kolno w tym czasie pełniło w dalszym ciągu rolę centrum handlowo-usługowego dla okolicznych terenów. Handlowano wówczas głównie bydłem, rybami, trzodą chlewną i tekstyliami. Ukoronowaniem tego procesu jest potwierdzenie w dniu 13 października 1765 r. przez Stanisława Augusta Poniatowskiego wszystkich dotychczasowych praw i przywilejów oraz nadanie miastu herbu i pieczęci. Pomni licznych pożarów umieścili przodkowie w herbie postać św. Floriana-patrona walki z pożogą. W 1777 r. miasto liczyło 189 domów i zamieszkiwane było przez 1134 mieszkańców (więcej niż Łomża). W latach osiemdziesiątych XVIII w. dzięki staraniom plebana kolneńskiego, ks. Wojciecha Kołomyjskiego odbudowano szpital na przedmieściu Łabna, prowadzono szkołę, do której chodzili chłopcy, oraz wystawiono browar i nowe zabudowania folwarczne.
Powstanie kościuszkowskie, będące próbą ratowania kraju przed ostatecznym upadkiem, nie ominęło ziemi kolneńskiej. W czasie walk o Kolno w lipcu 1794 r. Prusacy miasto zrabowali, a następnie spalili. W powstaniu zginęło wielu kolnian i włościan z okolicznych wsi biorących udział w walce. W wyniku trzeciego rozbioru Polski Kolno znalazło się pod panowaniem pruskim.
Pod rządami pruskimi Kolno przestało pełnić funkcję miasta powiatowego. Zaborca dążył do mocniejszego związania nowych nabytków terytorialnych z resztą państwa przez wprowadzenie praw i systemu administracyjnego, obowiązującego w jego państwie. Władze pruskie przeprowadziły szereg reform gospodarczych, ograniczyły jednak znacznie swobody narodowościowe tak dla ludności polskiej, jak i coraz liczniejszej społeczności żydowskiej.
W okresie wojen napoleońskich Kolno w dalszym ciągu pozostawało terenem przemarszów obcych wojsk będących wielkim obciążeniem dla miejscowej ludności. Na mocy traktatów pokojowych podpisanych w Tylży w lipcu 1807 r. Kolno wraz z całym Mazowszem znalazło się w granicach Księstwa Warszawskiego, a po upadku Napoleona zgodnie z postanowieniami kongresu wiedeńskiego weszło w skład Królestwa Polskiego podporządkowanego Cesarstwu Rosyjskiemu. Zachodzące w Królestwie Polskim, dzięki protekcyjnej polityce rządu, przemiany gospodarcze przyspieszające rozwój wielu miast nie objęły, niestety, Kolna. W roku 1823 przeniesiono komorę celną z Kolna do Wincenty, wsi położonej przy samej granicy z Prusami, odległej od Kolna o 8 km. Miasto wówczas podupadło, jednakże ludność Kolna powiększyła się i w 1827 r. wynosiła 2083 mieszkańców.
27 lutego 1831 r. w czasie powstania listopadowego Kolno było miejscem potyczki oddziałów powstańczych z wojskiem rosyjskim, w wyniku której wiele domów uległo zniszczeniu i spaleniu. Pożar zniszczył m.in. kościół św. Katarzyny, który już nigdy później nie został odbudowany. Miasto po upadku powstania tkwiło w bezruchu gospodarczym i społecznym, bardzo powoli dźwigało się z popiołów i zgliszcz. W roku 1834 zakończono budowę nowego kościoła na placu po dawnym dworze książęcym, na którym stał wcześniej kościół św. Anny.
Koniec lat trzydziestych to dalszy rozwój miasta – przebudowa głównych ulic i budowa rzeźni. Niewielki przyrost ludności miasta w latach czterdziestych i pięćdziesiątych XIX w. był spowodowany przede wszystkim szerzącymi się wówczas chorobami powodującymi dużą śmiertelność wśród mieszkańców Kolna.
Podobnie jak w całym kraju, także i w Kolneńskiem, lata 1861-1862 upłynęły pod znakiem manifestacji religijno-patriotycznych, ruchu chłopskiego i przygotowań do powstania. Okres manifestacji spełnił szczególna rolę – przyczynił się bowiem do rozbudzenia patriotycznych uczuć wśród ludności i konsolidacji narodowej. Teren okręgu kolneńskiego w pierwszej fazie powstania styczniowego był wolny od potyczek z wojskami rosyjskimi. W tym czasie w Kolnie zorganizowano szpital powstańczy, który znajdował się pod stałą i troskliwą opieką cywilnych władz polskich. Przez cały niemal okres powstania Kurpie aktywnie walczyli w oddziałach powstańczych oraz tworzyli samodzielne oddziały organizujące zasadzki na nieprzyjaciela zapuszczającego się w lasy. Ludność kurpiowska udzielała także powstańcom wszechstronnej pomocy, dostarczając oddziałom żywność i odzież, informując o ruchach nieprzyjaciela. U schyłku powstania Kolneńskie udzielało schronienia wielu oddziałom powstańczym.
W 1866 r. Kolno ponownie stało się miastem powiatowym. Nowe władze powiatowe zostały utworzone w większości z przysłanych do Kolna urzędników i oficerów rosyjskich. Wprowadzono język rosyjski jako urzędowy. Równocześnie władze carskie dążyły do osłabienia samodzielności kościoła katolickiego. Wszystkie te działania służyły likwidacji wszelkich śladów odrębności ziem polskich. Kolno w latach osiemdziesiątych posiadało sąd pokoju, stację pocztową, telegraf i aptekę. Istniał browar, wiatrak, dwa młyny, 30 sklepów i 18 szynków.
W dniu 28 kwietnia 1900 r. Kolno zostało dotknięte kolejną klęską pożaru. W ogniu stanęły domy w rynku i wokół kościoła - wszystkich budynków spłonęło około 100. Kolno od momentu swego powstania często przeżywało klęski pożarów. Żywioł ten niszczył wielokrotnie wyniki pracy wielu pokoleń kolnian. Miasto bywało doszczętnie spalone czy to w czasie wojen, które go nie omijały, czy też przez zaprószenie ognia. Toteż bardzo wcześnie zaczęto organizować się do walki z czerwonym kurem, gromadząc sprzęt przeciwpożarowy i zatrudniając stróżów nocnych, którzy alarmowali mieszkańców w razie pożaru. W 1902 r. w Kolnie została utworzona Ochotnicza Straż Pożarna, przy której powstała kilka lat później orkiestra dęta.
Uchwalenie prawa o stowarzyszeniach, umożliwiło legalizację związków o charakterze zawodowym. W 1908 r. zorganizowano w Kolnie pierwsze stowarzyszenie spożywców. Otwierano czytelnie i biblioteki. Miasto jako siedziba władz powiatowych zaczęło powoli wprowadzać zdobycze cywilizacji XX w. Wykonano modernizację placów, ulic i mostów. Kolno w dalszym ciągu pełniło funkcje handlowo-usługowe dla okolicznego terenu. W 1914 r. w mieście było 6100 mieszkańców, z czego 61% stanowili Żydzi.
W czasie pierwszej wojny światowej toczyły się zaciekłe boje wokół Kolna. W dniu 20 lutego 1915 r. Kolno zostało zdobyte przez Niemców. W wyniku ostrzału artyleryjskiego miasto zostało zniszczone, a wiele domów przestało całkiem istnieć. Pozostałością po tych krwawych bitwach jest wiele zbiorowych mogił, ilustrujących nasilenie walk w tym rejonie. Duża zbiorowa mogiła żołnierzy rosyjskich i niemieckich znajduje się w Kolnie na cmentarzu komunalnym.
Powiat kolneński aż do zakończenia wojny pozostawał w rękach niemieckich. Okupanci na zdobytym terenie wprowadzili administrację niemiecką. Nieprzyjaciel prowadził gospodarkę rabunkową wobec ludności polskiej, nakładając duże kontyngenty na rolników, zabierając im zboże i bydło na wyżywienie armii. W dniu 3 maja 1915 r. w Kolnie odbyła się parada wojskowa odbierana przez gen. P. Hindenburga.
Dzień 11 listopada 1918 r. otworzył nowy rozdział w historii narodu polskiego, znów wolnego, po przeszło 120 latach niewoli, ponownie obecnego na politycznej mapie Europy. W Kolnie, podobnie jak w innych miastach Polski, zapanowały wielka radość i entuzjazm ludzi do odbudowy państwa po latach zaborczych rządów i wojen. Wojsko niemieckie, maszerujące przez Kolno do Pisza, w pierwszych dniach wolności były rozbrajane przez członków Polskiej Organizacji Wojskowej oraz mieszkańców.
W sierpniu 1919 r. w Kolnie działały następujące instytucje i placówki społeczne: Ochrona Rady Opiekuńczej, biblioteka parafialna, Komitet Opieki nad Dziećmi, szpital zakaźny, Komitet Sanitarny, łaźnia, kasa pożyczkowa, straż ogniowa i księgarnia. W 1919 r. ustanowiono w Kolnie Inspektorat Szkolny. W Kolnie czynne były pięcioklasowa szkoła miejska i gimnazjum.
W dniu 3 maja 1919 r. na cześć odzyskania niepodległości odbyła się w Kolnie wielka manifestacja ludności, z udziałem Komisariatu Rządu Polskiego w Kolnie, przedstawicieli ugrupowań politycznych powiatu kolneńskiego, a także straży ogniowej. Na uroczystość przybyło wojsko 33 Pułku Piechoty z Łomży. Ulicami miasta przeszedł pochód, niosąc sztandary, przygrywała orkiestra strażacka. Przy ul. Czerwińskiej (obecnie Wojska Polskiego) po dwóch stronach istniejącego krzyża posadzono „dęby wolności”.
W czasie wojny polsko-bolszewickiej, oddział kozaków dońskich przemaszerował przez Kolno w nocy 29/30 lipca 1920 r., nie wyrządzając poważniejszych szkód mieszkańcom. Do większej potyczki doszło 20 sierpnia 1920 r. we wsi Leman. Żołnierze polscy polegli w walce zostali złożeni do grobu na cmentarzu parafialnym w Kolnie – obecnie jest to Grób Nieznanego Żołnierza.
Rozwój ekonomiczny powiatu kolneńskiego na początku lat dwudziestych XX w. następował bardzo powoli. Powiat obejmował swym zasięgiem 9 gmin wiejskich i 3 gminy miejskie. Wielkie nadzieje wiązano z przeprowadzeniem linii kolejowej z Kolna do Łomży i Pisza oraz uruchomieniem komunikacji samochodowej pomiędzy Kolnem a Łomżą. W Kolnie prowadzony był ożywiony handel końmi z zagranicą. W samym mieście zajmowało się tym 200 osób.
W latach 1922-1923 powstał Kolneński Klub Sportowy – pierwszą sekcją była drużyna piłki nożnej, a następną – sekcja kolarska. Drużyna piłki nożnej nosiła kolejno nazwy „Viktoria” i „Orzeł”.
Po długich staraniach wybudowano w mieście nową szkołę podstawową im. Tadeusza Kościuszki, która do dziś kształci w swych murach młode pokolenie kolnian. Została ona oddana do użytku w 1935 r. Wybudowano ją na miejscu rozebranej w 1929 r. cerkwi prawosławnej, zamienionej po wojnie na kościół katolicki. Do placówek kulturalnych Kolna zaliczyć należy bibliotekę publiczną i kino-teatr „Nowości” działające w budynku Straży Ogniowej.
12 września 1932 r. Kolno zostało prawie w 80% zniszczone przez pożar, trwający dwa dni. Silny wiatr utrudniał akcję ratowniczą, przez co pożoga obejmowała coraz to nowe budynki.
Miasto Kolno - po zniesieniu w nim siedziby powiatu w kwietniu 1932 r. - chyliło się ku upadkowi. Wyludniło się i w 1939 r. zamieszkiwało je 5163 mieszkańców, w tym prawie 70% ludności żydowskiej. Z dniem 1 kwietnia 1939 r. Kolno zostało przyłączone do województwa warszawskiego.
Po wybuchu II wojny światowej już 8 września 1939 r. Kolno znalazło się w rękach niemieckich. W szkole podstawowej Niemcy urządzili szpital polowy. Pierwsza okupacja niemiecka zakończyła się w Kolnie po trzech tygodniach. Zgodnie z traktatem radziecko-niemieckim z 28 września 1939 r. Kolno weszło w skład Białoruskiej Republiki Radzieckiej. Wycofujące się 28 września wojska niemieckie podpaliły synagogę żydowską, która spłonęła doszczętnie. Wojska radzieckie wkroczyły do Kolna 29 września 1939 r. Dokonano wówczas nowego podziału administracyjnego i powołano radzieckie władze tymczasowe, w skład których weszli miejscowi działacze lewicowi.
W dniu 22 czerwca 1941 r. o świcie Niemcy rozpoczęli ostrzał artyleryjski Kolna - dokonywał się najazd Niemiec hitlerowskich na Związek Radziecki. Po zagarnięciu tego terenu przez Niemców, miasto wcielone zostało do Rzeszy – należało do Okręgu Białostockiego (Bezirk Białystok) i Kreiskomisariatu Łomża. Od pierwszych dni okupacji niemieckiej rozpoczął się proces eksterminacji ludności polskiej, a szczególnie żydowskiej.
W Kolnie bardzo szybko zorganizowany został ruch oporu, a przyczynił się do tego w głównej mierze st. sierżant Stanisław Milewski ps. „Śmiały”. Już w październiku 1939 r. utworzył on w Kolnie organizację pod kryptonimem „Śmiałowo”, która w pierwszym okresie istnienia miała zadanie udzielania pomocy ludności polskiej na terenach pod okupacją hitlerowską oraz zbieranie i gromadzenie porzuconej broni. Po wybuchu wojny niemiecko-radzieckiej nastąpił wzrost działalności podziemia. Działał Związek Walki Zbrojnej, przekształcony później w Armię Krajową oraz Narodowe Siły Zbrojne. Organizacje te zrzeszały wielu ludzi z miasta i okolicznych wsi. Komendantem rejonu Kolno Armii Krajowej był Stanisław Milewski. Nie brakowało wśród mieszkańców miasta osób, które brały czynny udział w walce z Niemcami na frontach drugiej wojny światowej.
Hitlerowski terror, jaki zapanował na tym obszarze, spowodował wyczerpanie, ogólną depresję i panikę. Ludność żyła w ciągłym strachu, niepewna swego jutra. Okupant hitlerowski dążył do ograniczenie liczby urodzeń. Inną formą walki z ludnością polską była dyskryminacja w dziedzinie oświaty i kultury. W odpowiedzi zorganizowano polskie tajne nauczanie – szkolnictwo z zakresu szkoły podstawowej i średniej. W Kolnie zajęcia z grupą liczącą w granicach 150-180 uczniów prowadziło małżeństwo Felicja i Teofil Kubrakowie.
W wyniku ofensywy wojsk radzieckich w nocy 23-24 stycznia 1945 r. Kolno zostało wyzwolone. Organizacja władzy ludowej na tym terenie przebiegała w niezwykle trudnych warunkach. Spory polityczne toczące się między przedstawicielami władzy ludowej, a organizacjami wojskowymi, podległymi rządowi londyńskiemu przerodziły się w walkę zbrojną, która trwała do lat pięćdziesiątych.
Zaraz po wyzwoleniu otwarto w mieście szkołę podstawową i reaktywowano gimnazjum. Działał również szpitalik, który dysponował 40 łóżkami. Powoli uruchamiane były zakłady rzemieślnicze i placówki handlowe. W 1948 r. została założona Spółdzielnia Mleczarska, a w roku następnym uruchomiono Powiatową Państwową Lecznicę Zwierząt. Po ciężkich latach okupacji ludność wracała do normalnych zajęć.
W 1948 r. utworzono powiat kolneński z siedzibą władz powiatowych w Kolnie. W skład reaktywowanego powiatu wcielono: miasta Kolno i Stawiski oraz gminy wiejskie: Czerwone, Mały Płock, Stawiski, Lachowo, Grabowo, Turośl, Łyse i Gawrychy. Powiat ten o powierzchni 911 km2 zamieszkiwało 58 tys. ludności. Pierwsze lata po powstaniu powiatu w Kolnie, były okresem bardzo trudnym ze względu na niedobór odpowiedniej kadry, jak i pomieszczeń dla niej, brak stałych połączeń komunikacyjnych, nikłą sieć telefoniczną.
Powojenna aktywizacja Kolna była w dużej mierze uzależniona od stworzenia w mieście przemysłu. W początkach 1973 r. został uruchomiony nowy Zakład Mleczarski. Był to wówczas jeden z największych tego typu zakładów w Polsce. Budowę Zakładu Dziewiarskiego „Morena” rozpoczęto w 1963 r., a uruchomienie nastąpiło w październiku 1964 r. Obecnie zakład nie istnieje, co wywołuje rozgoryczenie wśród mieszkańców Kolna, głównie kobiet, dotkniętych wysokim bezrobociem. W roku 1973 rozpoczęto budowę kolejnego zakładu przemysłowego Fabryki Przyrządów i Uchwytów „Ponar-Bial”. Uruchomienie przedsiębiorstwa nastąpiło na początku stycznia 1975 r.
W latach pięćdziesiątych i sześćdziesiątych nastąpiły w mieście również istotne zmiany związane z oświatą, których wymiernym efektem była likwidacja analfabetyzmu. W sierpniu 1953 r budynek Szkoły Podstawowej nr 1 został powiększony o nowe skrzydło, co poprawiło warunki nauczania. Szkoła Podstawowa nr 2 została oddana do użytku w 1968 r. We wrześniu 1959 r. istniejące w Kolnie gimnazjum przemianowano na Liceum Ogólnokształcące, a to z kolei w 1979 r. przekształcono w Zespół Szkół Ogólnokształcących i Zawodowych. Zespół Szkół Zawodowych, mieszczący się w nowym budynku od 1960 r. początkami sięga lat czterdziestych. W wyniku ostatniej reformy szkolnictwa ponadgimnazjalnego utworzono w mieście Zespół Szkół Ponadgimnazjalnych i Zespół Szkół Technicznych. W 1973 r. powstało Medyczne Studium Zawodowe z Wydziałem Pielęgniarstwa. Od 1976 r. w Kolnie funkcjonuje także szereg szkół prowadzonych przez Zakład Doskonalenia Zawodowego w Łomży. W roku szkolnym 1999/2000 w związku z reformą systemu edukacji, utworzono w mieście gimnazjum zlokalizowane początkowo w budynkach dwóch szkół podstawowych. Do placówek oświatowych podległych miastu należy także Przedszkole Miejskie Nr 4.
W 1975 r. w wyniku nowego podziału administracyjnego Polski Kolno przestało być siedzibą władz powiatowych. Powołany do istnienia Urząd Miasta i Gminy wszedł w skład nowego województwa łomżyńskiego. Demokratyczne przemiany zapoczątkowane w 1989 r. w naszym kraju stały się fundamentem budowy II Rzeczypospolitej. W wyniku realizacji ustaleń „okrągłego stołu” w dniu 4 czerwca 1989 r. odbyły się wybory do sejmu i senatu, w których po raz pierwszy uczestniczyli kandydaci opozycji, wywodzący się z „Solidarności”. Wyniki wyborów czerwcowych były niekorzystne dla rządzącej koalicji.

W 1990 r. zostały utworzone urzędy rejonowe. Podlegały one wojewodzie jako rejonowe organy rządowej administracji ogólnej, wykonując, poprzez kierowników, szczególne zadania i kompetencje określone w ustawach. Siedzibą urzędu rejonowego
w Kolnie było miasto Kolno. Terytorialny zasięg działania Urzędu tj. rejon administracyjny obejmował miasto Kolno, miasto Stawiski oraz gminy: Grabowo, Kolno, Mały Płock, Stawiski i Turośl. Na Kierownika Urzędu Rejonowego w Kolnie został powołany Tadeusz Kmieć. Od maja 1998 r. do końca grudnia 1998 r. Kierownikiem Urzędu Rejonowego był Mirosław Bajorek.
W 1990 r. nastąpiła radykalna zmiana koncepcji władzy lokalnej w naszym kraju. Zniesiony został, oparty na obcych wzorach system rad narodowych, a w jego miejsce powołano do życia samorząd terytorialny. 27 maja 1990 r. odbyły się pierwsze wolne od ponad pół wieku wybory samorządowe. Samorząd został ustanowiony na szczeblu gminy i uznany za podstawową formę organizowania w niej życia publicznego. W dniu 13 czerwca 1990 r. Burmistrzem Gminy i Miasta Kolno został wybrany Józef Stanisław Szymanowski. Dnia 28 czerwca 1991 r. Rada Gminy i Miasta Kolno podjęła uchwałę w sprawie podziału gminy na miasto i gminę Kolno, co faktycznie nastąpiło w dniu 1 stycznia 1992 r. Po dokonanym podziale gminy stanowisko Burmistrza Miasta objął w dniu 12 marca 1992 r. ponownie Józef Stanisław Szymanowski. W latach 1998-2002 funkcję Burmistrza Miasta pełnił Stanisław Szymańczyk. W pierwszych bezpośrednich wyborach wójtów, burmistrzów i prezydentów, które odbyły się w dwóch turach w październiku i listopadzie 2002 r. mieszkańcy Kolna na Burmistrza Miasta wybrali Mieczysława Śniadacha. Od dnia 5 grudnia 2006 r. funkcję Burmistrza Miasta Kolno pełni Andrzej Duda, wybrany w bezpośrednich wyborach.
Reforma administracyjna kraju realizowana od 1 stycznia 1999 r. umożliwiła reaktywowanie powiatu kolneńskiego z siedzibą w Kolnie, w nowo utworzonym województwie podlaskim. Obszar powiatu obejmuje obecnie 940 km2. Należą do niego gminy: Grabowo, Kolno, Mały Płock, Turośl, gmina i miasto Stawiski, miasto Kolno.
Z dniem 31.12.1998 r., w związku ze zmianami wynikającymi z wprowadzenia
z dniem 1 stycznia 1999 r. trójstopniowego podziału terytorialnego państwa (gminy, powiaty i województwa) oraz reformy administracji publicznej, urzędy rejonowe przestały istnieć.
W wyniku przekształcenia Urząd Rejonowy w Kolnie stał się Starostwem Powiatowym
w Kolnie. W pierwszej kadencji samorządu powiatowego funkcję starosty kolneńskiego pełnili: Marek Samul, a następnie Andrzej Duda. Od listopada 2002 r. starostą powiatu kolneńskiego był Stanisław Wiszowaty. W dniu 1 grudnia 2006 r. starostą powiatu kolneńskiego został wybrany Henryk Duda.
Władze miasta Kolno przywiązują dużą wagę do rozwoju infrastruktury. Kolno ma
w tej dziedzinie znaczące sukcesy, m.in. budowa wysypiska, oczyszczalni ścieków, dwa segmenty gimnazjum, boisko wielofunkcyjne przy gimnazjum, nowoczesny kompleks sportowo-rekreacyjny, na który składa się pełnowymiarowa hala sportowa (realizowana wspólnie z powiatem kolneńskim) i kryta pływalnia. W 2008 r. oddano do użytku boisko wielofunkcyjne przy Szkole Podstawowej Nr 1 oraz plac zabaw przy Przedszkolu Miejskim. Wykonano także rekonstrukcję pomnika i jego otoczenia w parku miejskim przy Placu Wolności. Ważnym przedsięwzięciem realizowanym w 2008 r. w ramach Norweskiego Mechanizmu Finansowego i Mechanizmu Finansowego EOG była „Termomodernizacja obiektów użyteczności publicznej”. Docieplono następujące obiekty: Szkoły Podstawowe nr 1 i 2, Urząd Miasta, Kolneński Ośrodek Kultury i Sportu, przedszkole, świetlicę środowiskową i budynek na stadionie miejskim. Budynki zyskały nową, kolorową elewację, zmniejszono wydatki na ogrzewanie i znacznie ograniczono emisję szkodliwych związków do atmosfery.

Dużym  sukcesem  niespełna 11–tysięcznego Kolna, jest pozyskanie funduszy ponadregionalnych na kompleksową kanalizację miasta. O skali i rozmachu  tego przedsięwzięcia najlepiej mówią pewne fakty. Proszę sobie wyobrazić, że długość nowej sieci kanalizacyjnej ułożonej w linii prostej sięgała by z Kolna aż do Pisza na Mazurach! Łącznie położono ponad 27 km sieci kanalizacyjnej. Zbudowano również  2,2 km sieci wodociągowej i 3,5 km sieci kanalizacji deszczowej. Wśród wykonanych zadań znalazła się również modernizacja stacji uzdatniania wody w Kolnie. Modernizacja polegała wymianie niemal wszystkich urządzeń odpowiedzialnych za proces uzdatniania wody oraz wprowadzeniu pełnej automatyzacji, co z kolei usprawniło prowadzenie i kontrolę tego procesu.
 Całkowity koszt realizacji projektu pn. „Kompleksowe rozwiązanie gospodarki wodno-ściekowej miasta Kolno” wynosi 23 945 122,60 zł. Dla odzwierciedlenia skali dofinansowania warto podać, że cały budżet Kolna zamyka się kwotą około 30 mln zł.  Kwota dofinansowania z Funduszu Spójności dla powyższego przedsięwzięcia to 10 471 442,03 zł. Ten projekt jest w historii naszego samorządu inwestycją z największym dofinansowaniem z budżetu Unii Europejskiej. Dla niedużego miast to prawdziwy kanalizacyjny i cywilizacyjny skok. Realizacja projektu przyczyniła się do radykalnego zwiększenia stopnia skanalizowania Kolna.  Jeszcze niedawno tylko 59 % obszaru miasta było objęte kanalizacją. Obecnie  to niemal 100 %.  Znacznie zwiększyła się  liczba mieszkańców podłączonych do zbiorczego systemu odbioru ścieków co pociągnęło za sobą masową likwidację szamb.  Poprawiła się również jakość wody pitnej. Woda wypływająca ze zmodernizowanej stacji uzdatniania spełnia wszelkie rygorystyczne normy. Zrealizowanie tej zakrojonej na szeroką skalę inwestycji ułatwia na co dzień życie mieszkańcom oraz dobrze służy środowisku naturalnemu. Wpłynie również na zwiększenie perspektyw rozwoju gospodarczego miasta poprzez zapewnienie podstawowej infrastruktury technicznej potencjalnym inwestorom. Za tę inwestycję Kolno zostało wyróżnione tytułem „Zielone Miasta 2014” w konkursie Ministerstwa Środowiska.

Dbając o rozwój przemysłu i usług Kolno przygotowało pod inwestycje teren o powierzchni około 10  hektarów. W pełni uzbrojone  tereny w Parku Inwestycyjnym Kolno, są doskonałym miejscem do ulokowania inwestycji z zakresu innowacyjnych usług i produkcji. Na inwestorów czekają grunty z kompletną  kanalizacją, siecią wodociągową i teleinformatyczną oraz drogami, a nawet ścieżkami rowerowymi. Największym atutem Parku Inwestycyjnego Kolno  są atrakcyjne grunty i wykształceni, operatywni mieszkańcy. Około 80% terenów znalazło już nabywcę. W nowych firmach pracę znalazło już ponad 20 osób. Liczba ta zwiększy się w przyszłości, gdy przedsiębiorcy zrealizują nowe inwestycje.

Wszystkie lokowane w mieście inwestycje to nie tylko rozwój gospodarczy Kolna, ale przede wszystkim generowanie nowych miejsc pracy, takie też cele przyświecały stworzeniu parku inwestycyjnego. Zrealizowany projekt ma także szerszy zasięg - stymuluje rozwój konkurencyjności Podlasia oraz całej Polski Wschodniej.

Największa  działka w PIK (pow. 3,7 ha) uzyskała prestiżowy tytuł „Grunt na medal”, przyznawany w konkursie organizowanym przez Polską Agencję Informacji i Inwestycji Zagranicznych oraz marszałków województw pod patronatem Ministra Gospodarki, samorządom, które potrafią przygotować tereny inwestycyjne na wysokim poziomie. Właśnie nabył ją prywatny przedsiębiorca z regionu. Planuje tam wybudować zakład produkujący łazienki modułowe.
Na stworzenie parku inwestycyjnego Kolno uzyskało 6,5 mln zł z Programu Rozwój Polski Wschodniej.  Pozostałe koszty związane z realizacją projektu (1,8 mln zł) zostały pokryte ze środków własnych miasta. Współczesne Kolno poszukuje swojej unikalnej drogi rozwoju. Poza profesjonalnym uzbrojeniem terenów inwestycyjnych Kolno szuka innych niekonwencjonalnych dróg rozwoju. Taką ciekawą i przyszłościową alternatywą są inwestycje w odnawialne źródła energii. Na dalekich obrzeżach miasta powstała największa w Polsce elektrownia słoneczna o mocy aż 1,84 MW. Inwestorem jest jedna z warszawskich firm, która  wydzierżawiła od miast tereny obok nieczynnego wysypiska śmieci.
W energetykę słoneczną  inwestuje również nasz samorząd.  Na budynkach użyteczności publicznej posadowione zostały panele fotowoltaiczne. Najnowsze rozwiązania techniczne   oraz unijne dofinansowanie pozwolą na realne zmniejszenie rachunków za energię elektryczną
Kolneński samorząd dużo inwestował w budowę i remonty lokalnych dróg. Zrealizował m.in. projekt budowy mini - obwodnicy Kolna. To droga północno-zachodnia, łącząca drogę wojewódzką w kierunku Turośli  i Myszyńca z drogą krajową nr 63 Kolno-Pisz. Rozładowuje ona nasilony ruch w centrum miasta, w kierunku Pisza oraz z Pisza w kierunku Ostrołęki. Inwestycja dofinansowana została z Regionalnego Programu Operacyjnego Województwa Podlaskiego.

Miasto Kolno pamiętało również o rozwóuj bazy sportowo – rekreacyjnej i oświatowej. W latach 2002 – 2005 zbudowano przestronny budynek gimnazjum im. Jana Pawła II. W jednym kompleksie ze szkołą znajdują się nowoczesny oddany w 2000 r. basen i hala sportowa. Baza sportowa w kolejnych latach  szybko się rozrastała.  Skatepark, pumptrack, boiska -  mamy już prawdziwe Centrum Sportowo – Rekreacyjne, którego nie powstydziłyby się miasta dużo od Kolna większe. Asfaltowy tor rowerowy pumptrack ma tylko kilka miast w Polsce. W małym mieście trwa wielka sportowa zabawa.
Współczesne Kolno jest miastem, które szybko się rozwija. Dużą szansą inwestycyjną dla samorządu okazał się szczególnie okres po akcesji do UE. 
Skuteczność Kolna w pozyskiwaniu środków unijnych została doceniona w rankingu pisma samorządowego Wspólnota „Wykorzystanie funduszy unijnych przez samorządy” z 2011r. W tym zestawieniu Kolno zostało sklasyfikowane na  4 miejscu w Polsce wśród miast powiatowych w przeliczeniu dotacji unijnych na 1 mieszkańca oraz 6 miejscu w kraju pod względem wartości projektów UE.
Dzięki tym europejskim środkom Kolno wypiękniało i stało się miastem z nowoczesną infrastrukturą.

Jednostkami organizacyjnymi podległymi Radzie Miasta są obecnie: Przedsiębiorstwo Usług Komunalnych Sp. z o. o., Przedsiębiorstwo Energetyki Cieplnej i Gospodarki Wodno – Ściekowej Sp. z o. o., Miejski Ośrodek Pomocy Społecznej, Szkoły Podstawowe Nr 1 i Nr 2, Gimnazjum, Przedszkole Miejskie Nr 4, Kolneński Ośrodek Kultury i Sportu, Miejska Biblioteka Publiczna.
Kolno obejmuje powierzchnię 25,08 km2 i jest blisko 11-tysięcznym miastem. Brak uciążliwego przemysłu, czyste środowisko, kompleksy leśne w otoczeniu i walory krajobrazowe przemawiają za atrakcyjnością miasta. Teren ten włączony jest do obszaru „Zielonych Płuc Polski”.